刘少奇、邓小平和国防部长彭德怀，军委秘书长、总参谋长黄克诚，很快就接到了毛泽东的批示，立即进行研究。根据作战涉及民族问题这一特点，中央确定了“以政治争取为主与军事打击相结合”的作战方针，要求平叛部队尽量使用轻武器，少用重炮，不得毁坏寺庙。
1958年12月27日，解放军总参作战部向中央呈送了关于几年来平息叛乱情况和几个待解决问题的报告。作战部的这份报告说，自1955年底开始，四川、云南、甘肃、青海、西藏等地的某些少数民族聚居区先后发生了较大规模的武装叛乱。少数民族中的上层打着民族、宗教的旗号，在帝国主义指使下欺骗、诱惑、胁迫人民群众，组织武装叛乱。解放军遵照中央关于“政治争取与军事打击相结合”的平叛方针，三年来积极进行了平息叛乱的斗争。到目前为止，大部分地区的武装叛乱已基本平息。
毛泽东于1959年2月19日给彭德怀写信，认为此件(即总参作战部的报告)很好，建议密发西藏工委、军区直至团级，使他们了解全局，明白方针政策。川、滇、甘、青平叛区域也应下发。他还在给这份报告的指示里强调指出:“这种叛乱，有极大好处，有练兵、练民和对将来全面平叛彻底改革提供充足理由等三大利益。”
在毛泽东看来，西藏上层反动派的倒行逆施只能是自取灭亡，使民主、光明的西藏早日出现。倘若西藏反动派发动叛乱，虽然不可避免地会带来若干损失，但同时也会加快民主改革步伐，能够比较彻底地摧毁西藏延续千年的反动、残酷的农奴制度，让西藏人民真正获得解放。
“军事打击、政治争取和发动群众相结合”，“先叛先改，后叛后改，不叛缓改”，毛泽东为西藏平叛、民主改革定下基调
1959年3月10日，叛乱分子利用达赖到西藏军区看戏之事制造事端。本来，达赖看戏是由其本人提出并经西藏地方政府同意的，但叛乱分子却公开造谣说汉人阴谋毒害达赖，蛊惑人心，并以此为借口，首先在拉萨挑起了叛乱。
3月10日上午，叛乱分子煽动不明真相的僧俗民众围住达赖喇嘛的住地罗布林卡，阻拦达赖喇嘛前往西藏军区礼堂观看演出。在罗布林卡门外，西藏军区副司令员桑颇·才旺仁增被叛乱分子打伤，西藏自治区筹备委员会官员、爱国人士堪穷·索郎降措被叛乱分子当场杀害。叛乱分子还驱使部分群众上街游行示威，高喊“西藏独立万岁”等反动口号。
当天下午，叛乱分子在罗布林卡召开了伪“人民代表会议”，公开亮出“西藏独立”的招牌，宣称“同中央决裂”。他们还利用外国驻拉萨总领事的电台，乞求外国的支持。与之呼应，原分散在拉萨周围的叛乱分子向市区集结，驻拉萨的藏军进入临战状态，西藏地方政府打开军械库公开发放枪支弹药。得到国外反华势力支持的西藏上层反动集团，公然撕毁《十七条协议》，全面发动了背叛祖国的武装叛乱。
当时，中央人民政府驻藏代表、西藏工委书记张经武，西藏军区司令员兼第18军军长张国华都在内地开会，中共西藏工委副书记、西藏军区政治委员谭冠三将军，作为中央人民政府驻西藏代理代表，主持全面工作。谭冠三立即将这一天发生的情况向中央作了汇报，认为这是一次有组织、有计划的反革命叛乱。党中央、中央军委对事态的发展亦极为关心。
11日，中央发出《关于上层公开暴露叛国面貌之后应采取措施》的指示，要求西藏工委和军区作好坚守防御的一切措施，随时准备迎击敌人的进攻。西藏永远是中国的西藏，任何反动力量都改变不了这个事实，若反动派叛国，中央将采取坚决的行动予以平定。解放军总参谋部也于这一天给军区发来指示电:“在敌人向我进攻之前，应严守自卫立场，不先打第一枪，以争取政治主动。”13日，中央军委命令在青海的人民解放军第134师入藏增援。
根据中央指示，西藏工委、西藏军区将驻拉萨的部队、地方机关单位统一组织起来，加强了防御工事，储备粮食和弹药，准备长期坚守作战。同时，西藏军区拟定了机动作战预案，作好战斗准备。
中央深知西藏叛乱不经达赖同意和支持是不可能的（事后证明中央的判断是准确的），即使如此，在这关键的时刻，中央仍不放弃争取、挽救达赖的最后一次机会。
达赖喇嘛此时已被叛乱分子软禁在罗布林卡，对外的联系十分困难，但谭冠三将军仍设法通过爱国人士先后于3月10日、11日和15日转交给达赖喇嘛三封信。谭冠三在信中表示体谅达赖喇嘛的处境，关心他的安全，并指出叛乱分子猖獗地进行军事挑衅，要求西藏地方政府立即予以制止。他诚恳地希望达赖早日脱离叛乱集团，迷途知返。为了保证达赖脱离叛乱集团后的生命安全问题，邓小平奉命在北京民族宫选择住所以迎达赖安居，足见中央用意之诚。
达赖喇嘛亦于3月11日、12日和16日先后给谭冠三复信三封。信中说:“反动的坏分子们正借口保护我的安全而进行危害我的活动，对此我正设法平息。”“反动集团的违法行为，使我无限忧伤……以保护我的安全为名而制造的严重离间中央与地方关系的事件，我正尽一切可能设法处理。”在16日的信中，他还表示，已对地方政府官员等进行了“教育”和“严厉地指责”，并表示几天后还可能到军区去。达赖喇嘛这三封亲笔信的原件曾由新华社记者拍成照片公开发表，现仍保存完好。
